Bernardo Hoyos asumió la dirección de la emisora en 1999, durante la rectoría de Evaristo Obregón Garcés. Desde la fundación de la HJUT, Hoyos participó activamente en cada una de sus etapas, aportando su experiencia en los comités y consolidando una emisora con mayor dinamismo y expansión. Con su vasta trayectoria en comunicaciones, estructuró una programación que combinaba música con contenido periodístico, entrevistas y coberturas culturales.
En el año 2000, la emisora experimentó nuevos cambios. Para conmemorar el cambio de milenio, se creó Milenio, un programa de entrevistas con personalidades del mundo de las artes, las letras y la música, el cual aún permanece en la parrilla de programación. Se replanteó un esquema de programación inspirado en la dirección de María de la Torre, lo que permitió el regreso de colaboradores externos como Carlos Heredia y Miguel Camacho, así como la incorporación de nuevas voces como Jorge Arias de Greiff, quien aportó su experiencia en el ámbito cultural.
Aunque la música clásica siguió siendo el eje central de la emisora, se incluyeron géneros como el jazz, la canción francesa y la música colombiana. Entre los programas destacados de esta etapa se encuentran Una Hora con, conducido por Ricardo de la Espriella, y el espacio de canción francesa, realizado por el profesor Gabriel Suárez, quien, tras vivir en Francia, compartía comentarios musicales de interés para los oyentes. En el segmento de ópera, participaron expertos como José Daniel Ramírez y Jorge Arias de Greiff.
Desde el punto de vista técnico, bajo el liderazgo de Bernardo Hoyos, la emisora experimentó un importante progreso. Se adquirió un nuevo transmisor de alta calidad, se mejoró la señal en toda la ciudad y se modernizaron los estudios con tecnología de punta. Además, la HJUT ingresó al mundo del streaming, ampliando su alcance a audiencias más allá de Bogotá.
En este período, la emisora recibió importantes reconocimientos. Entre ellos, el Premio Simón Bolívar de Periodismo en Radio Cultural, otorgado al programa Lo Sagrado en la Tradición Musical, realizado por el padre Alfonso Rincón, teólogo, filósofo y melómano vinculado a diversas emisoras universitarias y culturales, como UN Radio. En 2003, José Daniel Ramírez Combariza fue galardonado con el Premio Simón Bolívar por el programa Vida Musical Europea, dedicado a la cantante italiana Giulietta Simionato. En 2011, Rogelio Delgado Gallego recibió el Premio Simón Bolívar por Colombia en su Música, Emilio Murillo y la Gruta Simbólica. Además, en 2008, el maestro Bernardo Hoyos fue distinguido con el Premio Simón Bolívar Vida y Obra, un reconocimiento a su trayectoria.
Durante esta etapa, la HJUT reforzó su papel como actor clave en la difusión de eventos culturales en Bogotá. Con un equipo periodístico sólido, la emisora cubrió conciertos, festivales, exposiciones y lanzamientos literarios, brindando a su audiencia información detallada sobre el acontecer cultural de la ciudad.
Estos avances no habrían sido posibles sin el apoyo de quienes han ocupado la rectoría de la Universidad Jorge Tadeo Lozano: Luis Córdoba Mariño, Juan Hernández Sáenz, Alberto Lozano Simonelli, Evaristo Obregón Garcés, Jaime Pinzón López, José Fernando Isaza Delgado y Cecilia María Vélez White, así como del Consejo Directivo de la Universidad. También fue fundamental la gestión del equipo directivo de la Fundación para el Desarrollo Universitario.